Ongelukkig is dit so dat die leiers van ʼn groot en invloedryke instelling soos die NGK dikwels in die verlede gesukkel het om te onderskei tussen sy doel om die geestelike gesondheid van sy lidmate te bewerk en sy behoefte om gedienstig te wees aan die politieke orde van die dag. Na die Engelse oorname van die Kaapkolonie in 1806 was die NGK instrumenteel in die uitvoering van die owerheid se verengelsingsbeleid; in 1836 was die NGK instrumenteel in die Engelse owerheid se pogings om die Voortrekkers aan bande te lê en moes die trekkers hul eie kerkverband, die Hervormde Kerk, op die been bring om hul geloofslewe saam op trek te kon neem. Die NGK het later weer die Nasionale Party van klein apartheid tot oorgawe nagepraat.